翔安地势由东北向东南倾斜，呈梯级下降，东—东北低山高丘区，南—东南岗台区。地貌为山地、丘陵、台地、平原、滩涂、海岸和岛礁等类型。气候属南亚热带海洋性季风气候，年平均气温21℃，平均年降水量1315.2毫米。土地面积4.16万公顷，其中湿地5062.78公顷，耕地7186.94公顷，林地9496.72公顷，工矿用地2907.13公顷，住宅用地4184.61公顷。境内主要山峰有21座，其中海拔最高山为新圩镇境内高仑头山（946.1米）。河流有九溪、内田溪、大盈溪、西林溪、古宅溪、曾溪等，水系源流均比较短。海域总面积133.84平方千米，全长75千米，其中深水岸线达4.8千米。主要类型为港湾泥质海岸、红土阶地侵蚀海岸和人工海岸；滩涂总面积5597.93公顷，占全区土地总面积15.92%。岛屿面积14.75平方千米，占全区土地总面积的4.19%。土地主要有砖红壤性红壤、红壤、冲积土、盐土和水稻土五大土类、8个亚类、21个土属、39个土种。共有地表水资源334.03平方千米，保证率总和6.3亿立方米。境内有蟒蛇、穿山甲、水獭、猫头鹰等野生动物。全区有挂牌保护的古树名木209株、古树群5个，其中2株古樟树龄已超过1300年。