翔安区境，秦属闽中郡，东汉属闽侯官县，三国时属建安郡东安县。后经西晋、南朝、隋、唐、宋、元、明时期多次析置变更隶属。清乾隆四十年（1775年），置马巷厅始，直至清末，今翔安区境域隶属泉州府马巷厅。民国元年（1912年），裁马巷厅，今翔安区境域复归同安县。1949年9月，今翔安区境域内（不含大嶝、小嶝）解放，仍暂沿旧制，隶属同安县管辖，上隶于华东军政委员会福建省第五行政督察专员公署。1950年7月、1958年10月和1970年8月、1973年9月，曾先后两度隶于泉州行署（后改称晋江专区）和厦门市同安县。2003年4月26日，国务院批准设立厦门市翔安区，直隶厦门市辖，同年10月19日，翔安区挂牌成立。